L’APNAC est dirigé par un Conseil d’Administration inclusif (dans la mesure du possible) dont les membres sont élus lors d’une Assemblée Générale Biennale. Ledit Conseil d’administration est composé d’un Président, d’un Vice-Président et de deux représentants de chacune des quatre régions de l’Afrique sub-Saharienne (c’est-à-dire l’Afrique Australe, l’Afrique Centrale, l’Afrique de l’Est et l’Afrique de l’Ouest).
Le mandat du Conseil d’Administration actuel couvre la période de juillet 2022 à juillet 2024.